【2025年最新】厳選したEC運営代行会社12選！選定ポイントや費用相場も解説！

EC運営代行会社は、ECサイトやECモールにおけるサイト構築から商品登録、広告運営や在庫管理まで幅広くサポートしてくれます。

EC運営のノウハウやリソースが不足してお困りの企業にとって、売上拡大に向けて伴走する頼もしいパートナーとなってくれるでしょう。

しかし、

「どのECの支援ができる運営代行会社が良いか判断できない」

「どのようなポイントでEC運営代行会社を選べば良いかわからない」

などと、お困りの担当者の方も多いのではないでしょうか。

本記事では、EC運営代行で受けられる支援内容や活用するメリット、費用の相場や代行会社を選ぶ際のポイントまで網羅的に解説します。

また、ECサイトとECモール別におすすめのEC運用代行会社を合計12社紹介しています。

EC運営で売上を伸ばしたいという方は、ぜひ最後までご覧いただき相性の良いパートナーを選ぶ際の参考にしてください。

【早見表】EC運営代行業者厳選12社

▼楽天市場でおすすめの運営代行会社3選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.ジャグー株式会社	運用代行： ・月額50万円～ ・完全成果報酬 ・固定＋成果報酬	・楽天SOY受賞経験者が戦略策定 ・売上拡大と利益最大化の両立支援 ・専属チームによるPDCAサイクル徹底管理	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・Qoo10
2.株式会社YUGETA ECコンサルティング	要問い合わせ	・EC事業の立ち上げから運営まで一貫サポート ・データ分析に基づく戦略立案 ・クライアントに合わせたカスタマイズされたソリューション	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・自社ECサイト
3.株式会社ピュアフラット	要問い合わせ	・契約後売上アップ率平均372% ・3,000社以上の支援実績 ・Yahoo!コマースパートナー認定	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・Qoo10

▼Amazonでおすすめの運営代行会社3選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.アグザルファ株式会社	ライト：月額78,000円+成果報酬7％（他プランあり）	・Amazon専門の運営支援会社 ・Amazon販売事業者アワード3年連続受賞 ・Amazon DSP広告運用代行実績多数	・Amazon
2.株式会社いつも	要問い合わせ	・13,000件以上の契約案件数 ・多様な業種・業態に対応 ・国内外のECプラットフォームをサポート	・Amazon ・楽天市場 ・Yahoo!ショッピング ・海外ECプラットフォーム
3.しるし株式会社	月額：30万円〜	・データ分析に基づく売上最大化戦略 ・30分単位の転売モニタリング体制 ・元Amazon社員を含む専門チーム	・Amazon ・楽天市場

▼Yahoo!ショッピングでおすすめの運営代行会社4選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.ジャグー株式会社	運用代行： ・月額50万円～ ・完全成果報酬 ・固定＋成果報酬	・Yahoo! JAPAN コマースパートナー認定企業 ・売上拡大と利益最大化の両立支援 ・Yahoo!年間ベストストア受賞 ・ECモール運営の全工程をワンストップ対応	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・Amazon ・Qoo10
2.株式会社ファイブスプリングス	月額：700,000円（税別）〜	・アパレル/グルメ/美容健康など多業種対応 ・新規参入から既存店舗改善まで幅広く対応 ・全国規模でのサポート体制	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場
3.イーラ株式会社	要問い合わせ	・モールSEO対策に強み ・Yahoo!ショッピングの支援に精通 ・新規出店から既存店舗改善まで幅広くサポート	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・自社ECサイト
4.株式会社ザーナス	ライトプラン：月額107,800円（税込）〜（他プランあり）	・750社以上の支援実績 ・各ECモールの特徴に精通したスペシャリストによるサポート ・多企業からコマースパートナーとして認定	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・Amazon ・自社ECサイト

▼自社ECサイトでおすすめの運営代行会社2選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.アートトレーディング株式会社	月額：30万円（税抜）〜	・ECサイト制作から物流管理までワンストップ対応 ・Shopify Experts認定チームによる専門支援 ・15年の運営ノウハウと200社以上の実績	・自社ECサイト ・楽天市場 ・Yahoo!ショッピング
2.コマースメディア株式会社	要問い合わせ	・Shopify Plus公式パートナー認定 ・サイト構築から物流代行までワンストップ対応 ・越境EC支援（英語/中国語サイト対応）	・自社ECサイト ・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング

EC運営代行とは？

EC運営代行とは、インターネット上で商品やサービスを販売するための一連の業務を専門の会社が請け負い運営を支援するサービスです。

運営代行は、ECサイトの構築や商品管理、マーケティングや顧客対応など、幅広い業務に対応しています。

EC運営に関して専門知識やノウハウを持つ業者に業務を外注すれば、自社はコア業務に集中するリソースを確保できるため効率的に売上拡大に向けた運営を進められるでしょう。

EC運営代行の主要な支援内容

EC運営代行を利用すると具体的にどのような業務を支援してくれるのでしょうか。

ここからはEC運営代行を利用すると受けられる以下5つの支援内容を解説します。

1. サイト構築・メンテナンス
2. 商品登録・管理業務
3. 広告やマーケティング戦略の立案と実行
4. 顧客サポート業務
5. 在庫や物流の管理

順に解説します。

1.サイト構築・メンテナンス

ひとつ目の支援内容は、サイト構築やメンテナンス業務です。

EC運営においてサイト構築とメンテナンスは重要な業務のひとつです。

サイト構築では、企業の要望に基づきユーザーの利便性を考慮したデザインや導線設計、機能を設計する必要があります。

またサイトメンテナンスでは、定期的な更新やバグ修正に加え、各種コンテンツの最適化を実施し、サイトのパフォーマンス向上とセキュリティの維持・強化が求められます。

これらの業務を自社のみで行うためには多くのリソースが必要なため、EC運営に精通した代行会社を利用して自社リソースを削減しながらプロのノウハウを活用しECサイト運営を円滑に進めましょう。

2.商品登録・管理業務

2つ目は商品登録や商品管理業務の支援です。

EC運営における商品登録は、商品ページを見たユーザーが欲しいと感じられる商品情報を反映し、自社商品の魅力をアピールできるため、重要な業務の1つです。

商品登録では、基本的に以下の詳細情報をECサイトに登録しユーザーに向けて適切な商品情報を提供します。

• 商品説明
• 商品スペック
• 価格
• サイズ
• 画像

また、商品管理には在庫の管理や受注・発注処理が含まれます。

単純な作業を外注に依頼することで業務時間が削減でき、販促などに時間をかけることができます。

3.広告やマーケティング戦略の立案と実行

3つ目は広告やマーケティング戦略の立案および実行の支援です。

EC事業において、広告運用やマーケティング戦略は重要な業務のひとつです。

ECの売上は以下の通りのため、集客数はかなり重要な指標になります。

EC運営代行のなかでも広告運用代行を利用すれば、EC運営のプロ目線で自社商品のターゲットに合わせた広告キャンペーンを設計し、SNSやGoogle広告、ディスプレイ広告などを活用した集客を実施できます。

また広告運用では日々施策の実施結果を分析し、最適化を繰り返し行うことで効率的な集客につながります。そのため、毎日広告の管理画面を確認する時間がない事業者様には広告運用でも代行を検討しましょう。

さらにマーケティング戦略の立案支援では以下の施策も含まれます。

• SEO対策
• コンテンツマーケティング
• インフルエンサー活用

EC運営代行を活用すれば、これらの施策を効果的に実施して自社商品の認知度向上や売上増加が期待できるでしょう。

4.顧客サポート業務

4つ目は、顧客サポート業務の支援です。

EC運営代行会社は商品を購入したユーザーからのクレームや商品説明の補足対応なども支援してくれます。

EC販売に限らず商品購入後は顧客からの問い合わせや商品の返品・交換対応などが発生します。

顧客からの評価は販売先の信頼性に直結するため、迅速で丁寧なサポートが重要です。

顧客サポートを自社のみで対応する場合は、人的リソースや受付体制の確保が必要です。しかし、EC運営代行会社の支援を受ければ、顧客対応の専門スキルを持ったスタッフへ任せられます。

顧客対応の問題解決に迅速かつ適切に対応できるため、顧客満足度の向上にも寄与するでしょう。

5.在庫や物流の管理

5つ目は商品の在庫管理や物流の管理業務の支援です。

ECサイトの運営における在庫や物流の管理は、商品在庫の把握から発送手続きに至るまで多岐に渡ります。

EC運営代行会社では在庫や物流業務に関して主に以下の支援を行います。

• 商品の入荷
• 検品
• 保管
• ピッキング
• 梱包
• 出荷

EC運営代行を利用すれば商品の管理を任せて在庫の過不足を防ぎ、ユーザーに迅速かつ正確に商品を提供できるでしょう。

EC運営代行を活用する6つのメリット

ここからは、EC運用代行を活用するメリットを以下6つに分けて解説します。

1. プロのノウハウを活用して売上の拡大が狙える
2. 業務負担を軽減できる
3. 施策をスピーディーに実行できる
4. 運営コストを抑えられる
5. コア業務に専念するためのリソースが確保できる
6. 多店舗展開がスムーズ

順に解説します。

1.プロのノウハウを活用して売上の拡大が狙える

EC運営代行の支援を受ければプロのノウハウを活用し売上拡大を目指せるメリットがあります。

EC運営代行会社は、業界での豊富な経験と実績に基づきEC運営における効率的な戦略を提供し、自社の課題を迅速に解決します。

さらにマーケティングや広告運用、商品戦略においても最適な手段で集客や売上向上につながる施策を実行できるでしょう。

2.業務負担を軽減できる

EC運営代行を活用すれば、以下の業務を委託できるため自社の負担を軽減できるのもメリットのひとつです。

• 商品登録
• 在庫管理
• カスタマー対応
• 広告運用
• 在庫や物流管理

たとえば新商品を開発する際は、ユーザーへの認知度向上のための広告施策の実施が効果的です。

しかし既存商品の在庫管理やユーザーへの問い合わせなど、多岐に渡る業務を自社のみで対応するためにはリソースが不足する場合もあるでしょう。

そのためEC運営業務を委託できる運営代行を活用すれば、業務負担を軽減し自社リソースをコア業務に集中できるため、効率的にEC運営を進められます。

3.施策をスピーディーに実行できる

売上向上のための施策を迅速に実行できるのもEC運営代行を活用するメリットと言えます。

ECの市場環境は日々変化しており、分析したデータをもとにPDCAサイクルを素早く回すことが重要です。

EC運営代行を活用すれば、豊富な経験からA/Bテストやプロモーション施策などを迅速に実行できるため、短期間で成果につなげられるでしょう。

4.運営コストを抑えられる

EC運営代行を活用すれば運営コストも抑えられる可能性があります。

なぜなら、EC運営に精通するスタッフの採用コストと人件費を削減できるからです。

EC運営をする場合に専門のスタッフを雇うよりも代行会社に委託する方がコストを抑えられることもあります。

またEC運営代行によるプロ水準の運営支援を受ければ、広告運用や物流管理などをスムーズに行えるだけでなく、自社による試行錯誤する手間とコストの削減が可能です。

そのため、専門知識を持ったEC運営代行を活用することで最終的な運営全体のコストの削減が期待できるでしょう。

5.コア業務に専念するためのリソースが確保できる

EC運営代行を利用して自社リソースをコア業務に当てられる点もメリットと言えます。

たとえば、運営代行会社に商品登録や広告運用、物流管理などを任せることで、自社は新商品の開発やユーザーサポートのスキーム作成など、戦略的な業務に専念できます。

そのため企業は自社の強みを生かして、事業の成長や目標達成に向けた取り組むためのリソースを確保できるようになります。

6.多店舗展開がスムーズ

複数のECモールや自社ECサイトへ多店舗展開をスムーズに行えるのもメリットです。

楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・自社ECといった複数のECモールや自社サイトを運営する際は、各プラットフォームのルールや最適な運営方法を理解することから始まります。

そのため、自社だけで多店舗展開をする場合は、運営方法を整えるまでに多くの時間やリソースが割かれてしまいます。

一方、多くのECモールやECサイトに精通した運営代行を活用すれば、各プラットフォームに的した運用を出店初期段階から任せられるため、スムーズに多店舗展開を進めることができるでしょう。

EC運営代行の費用相場

ここではEC運営代行会社へ依頼する際に必要な費用相場を紹介します。

運営代行会社の料金体系は主に以下3つの種類があります。

• 月額固定型
• 成果報酬型
• 複合型（固定費+成果報酬）

それぞれの費用相場や特徴、おすすめの企業は以下のとおりです。

項目	月額固定型	成果報酬型	複合型（固定費+成果報酬）
費用相場	月額数万円〜30万円程度	売上の5%〜10%程度	・固定費：約5万円前後 ・成果報酬：売上の5%〜10%
特徴	一定の月額料金でサービスの提供を受けられる	売上に応じて料金が発生する	月額固定型と成果報酬型の組み合わせ
メリット	・予算管理がしやすい ・サービスの利用範囲を把握しやすい	・リスクを抑えられる ・費用に見合った支援を受けられる	・一定の予算で支援を受けられる ・成果に見合った報酬で代行会社の成果を期待できる
おすすめの企業	・定例業務を委託したい企業 ・安定したコスト管理を求める企業	・売上向上に直結する業務を外注したい企業 ・マーケティングや広告運用を重視する企業	・一定の売上がある企業 ・さらなる売上向上を目指す企業

次から各料金体系について解説します。

月額固定型の特徴と相場

月額固定型の料金相場は月額で数万円〜30万円程度です。

実際の料金は業務内容や企業規模に応じて異なりますが、一定の月額料金でサービスの提供を受けられる特徴があります。

月額固定型のメリットは、予算管理がしやすくサービスの利用範囲を把握しやすい点です。

特に商品登録や在庫管理、カスタマーサポートなど定期的に発生する業務を外部に委託する際に有効であり、安定したコスト管理が可能です。

成果報酬型の特徴と相場

成果報酬型は売上に応じて料金が発生する仕組みで、費用相場は売上の5%〜10%程度で設定されることが多い印象です。

成果報酬型の特徴は、運営代行会社が成果に応じて報酬を得られるため、発注者はリスクを抑えながら費用に見合った支援を受けられる点です。

特に売上向上に直結するマーケティングや広告運用などの業務を外注したい企業に適した料金体系と言えます。

複合型（固定費+成果報酬）の特徴と相場

複合型（固定費＋成果報酬）の費用相場は、固定費が約5万円前後で成果報酬は売上の5%〜10%に設定されることが多い印象です。

複合型の特徴は月額固定型と成果報酬型を組み合わせた料金体系のため、一定の予算で支援を受けつつ、成果に見合った報酬を提供することで代行会社の成果を期待できる点と言えます。

複合型は一定の売上が確保できている企業で、さらなる売上向上を目指す場合におすすめです。

EC運営代行会社を選ぶ際の7つのポイント

ここからは具体的にEC運営代行会社を選ぶ際のポイントを以下7つに分けて解説します。

1. 支援対象を自社ECかモール運営かを明確にする
2. 実績・得意分野を確認する
3. 代行範囲と対応可能な業務を確認する
4. 適切なサポートの体制が整っているか確認する
5. データ分析・改善提案ができる確認する
6. コミュニケーションの取りやすさ
7. 突発的な依頼も対応可能か確認する

依頼前に確認して、自社に最適な代行会社を見つけるための参考にしてください。

1.支援対象を自社ECかモール運営かを明確にする

EC運営代行を依頼する際は「自社ECサイト」か「ECモール」のどちらの運営代行を依頼すべきかを明確にすることがポイントです。

自社ECサイトは、デザインの自由なカスタマイズが可能なため自社ブランドの独自性を保ちながら運営できます。

一方で、楽天市場やAmazonなどのECモールは、集客力が高く短期間で売上を伸ばしやすい特徴があります。

EC運営代行を選定する際は、現時点での自社EC運営状況や今後の運営方針のほか、予算や売上目標を考慮して自社ECサイトとECモールのどちらの運営を代行してもらうか決めましょう。

なお、これからEC販売にチャレンジする企業向けに、ECサイトとECモールの違いについて以下の記事で詳しく解説していますので、ぜひ参考にご覧ください。

関連記事：https://jagoo.co.jp/column/rakuten-ecmall-management/

2.実績・得意分野を確認する

自社に最適なEC運営代行を選ぶには、運営代行会社の実績や得意分野を確認しましょう。

たとえば、過去の実績は以下のポイントを確認するのがおすすめです。

実績をチェックするポイント

・どのような業界や商品ジャンルの支援経験があるか ・売上向上の具体的な成功事例があるか

また得意分野は以下のポイントでチェックしましょう。

得意分野をチェックするポイント

・自社が希望するEC（楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなど）の運営実績があるか ・各ECの特有のルールや施策に詳しいか

以上のポイントでEC運営会社の実績や支援事例を確認できれば、自社のニーズに合った支援が得られるかを判断しやすくなるでしょう。

3.代行範囲と対応可能な業務を確認する

EC運営代行を選ぶ際は、提供されるサービスの範囲を確認するのもポイントのひとつです。

EC運営代行会社が提供するサービスの詳細を確認できれば依頼後のトラブル回避にもつながります。

たとえば、商品の登録やサイトのメンテナンス、広告運用やユーザー対応など、自社に必要な業務支援が含まれているかを確認することで自社のニーズに最適な代行会社を選びやすくなるでしょう。

サービス範囲を確認するには、代行会社のホームページを閲覧し支援実績や導入事例をチェックするのがおすすめです。

4.適切なサポートの体制が整っているか確認する

EC運営代行からの適切なサポートが受けられる体制が整っているかを確認することも重要なポイントです。

運営代行会社のサポート体制が整っていれば、依頼後にトラブルが発生した際にも迅速な対応が期待できます。

また担当者の業務レベルの高さを確認することも重要なポイントで、専門的な知識がある担当者かどうかを打ち合わせの際にしっかりと確認しておきましょう。

5.データ分析・改善提案をできるか確認する

データ分析に基づいた改善提案が可能かどうかを確認することも重要です。

運用代行を利用する目的は単なる作業代行ではなく「売上向上と利益最大化」です。

そのため、代行会社から運営データに基づいたアプローチを受けられるかが重要なポイントとなります。

具体的には、以下のポイントで代行会社をチェックしましょう。

データドリブンなアプローチができるかのチェックポイント

・アクセス解析・購買データを活用したPDCA運用ができるか？ ・A/Bテストなどの改善施策を提案・実行できるか？

以上のことから、経験則や感覚だけではなく客観的なデータに基づいたEC運営をできるかどうかが成果を左右するポイントと言えるでしょう。

6.コミュニケーションの取りやすさ

EC運営代行を選ぶ際は、コミュニケーションの取りやすさも重要なポイントです。

具体的に以下のポイントでコミュニケーションの取りやすさをチェックできます。

コミュニケーション方法のチェックポイント

・連絡手段（メール・チャット・電話など）はスムーズか？ ・レスポンスの速さは適切か？ ・定例会議・レポート報告の頻度・内容は明確か？

特に連絡手段がメールのみの場合、コミュニケーションコストが増えてしまうため、自社にとってスムーズなコミュニケーション手段が確保できる代行会社を選定しましょう。

7.突発的な依頼も対応可能か確認する

EC運営代行会社が突発的な依頼にも対応できるかどうかも確認しましょう。

たとえば、広告用バナーの差し替えや商品を購入したユーザーからの緊急のクレーム対応などにも柔軟に対応してくれる運用代行会社を選ぶのがおすすめです。

他にも以下のポイントで代行会社の対応力をチェックしましょう。

EC運営代行会社の対応力をチェックするポイント

・突発的なキャンペーン・セール施策に対応できるか？ ・自社独自の運営ルールにカスタマイズ対応が可能か？ ・事業の成長に合わせてサポート範囲を拡大できるか？

自社からの依頼を柔軟に受け止められる代行会社を見つければ、長期間に良好な関係を築いていけるパートナーとなるでしょう。

EC運営代行を選ぶ際の3つの注意点

ここからはEC運営代行会社を選ぶ際に注意すべき以下3点を解説します。

1. 自社にEC運営のノウハウが蓄積されにくい
2. 自社運営に切り替えるハードルが高くなる
3. 納品物のクオリティ担保が難しい

順に解説します。

1.自社にEC運営のノウハウが蓄積されにくい

EC運営代行を活用すると運営業務の効率化や即戦力を得られる一方で、自社内にEC運営のノウハウが蓄積されにくいという注意点があります。

依頼後はEC運営の実務を代行会社が担当することがほとんどのため、自社が運営プロセスを学ぶ機会が限定されてしまいます。

そのため、社内でのノウハウを蓄積するためには、代行会社との密なコミュニケーションと情報共有する仕組みづくりが重要です。

2.自社運営に切り替えるハードルが高くなる

EC運営代行を利用すると、将来自社運営に切り替える場合のハードルが高くなるリスクがあります。

なぜなら既述したとおり、代行会社へ運営を任せていると自社内に必要なスキルや運営経験が蓄積されにくく、自社のみでスムーズな運営を進められない可能性があるからです。

そのため、代行会社を利用する際には、将来的な内製化を見据えて運営知識の共有や自社チームの育成を並行して進めておきましょう。

3. 納品物のクオリティ担保が難しい

ECの運営を代行会社に依頼しても、成果物のクオリティが期待通りではなく自社による修正が必要となるケースがある点には注意しましょう。

修正が必要となるリスクを避けるためには、一定の品質基準を担保できるマニュアルの作成や初期段階で代行会社へ自社のノウハウを共有する方法が効果的です。

リスクをしっかりと把握し対策を取ることで納品物のクオリティを担保し、修正工数を最小限に抑えられるでしょう。

大手ECモール別の運営代行の選び方

ここからは大手と言われる以下のECモールの支援実績が豊富な我々ジャグー株式会社の視点から、各ECモールに最適な運営代行会社の選び方を紹介します。

• 楽天市場
• Amazon
• Yahoo!ショッピング

なお、ジャグー株式会社ではこれまでのECサイト運営の経験から、ECサイトの攻略情報をまとめた資料を提供しています。

以下から資料一覧のダウンロードページが可能です。気になる資料を見つけてぜひ参考にしてください。

次からECモール別に運営代行会社の選び方を解説します。

楽天市場

楽天市場は変化の早いECモールのため、常に最新のトレンドに適応できる運営代行会社を選ぶことが重要です。

特に以下の条件を満たす運営代行会社を選ぶのがおすすめです。

• 楽天市場独自の広告（RPPやTDA広告など）に精通している
• 楽天市場のSEOやランキングなどを理解し「売れるサイクル」を構築できる
• 売れ筋商品の作り方やカテゴリーシェアの獲得方法、リピーター獲得のノウハウが豊富である

楽天市場での運営経験豊富な代行会社を選べば自社に最適な支援を受けて競争力のある運営ができるため、長期的な売上アップが期待できます。

なお、楽天市場におすすめな運営代行会社を紹介する以下の記事も参考にご覧ください。

関連記事：【2025年最新】楽天市場の運営代行おすすめ12選！料金や選定ポイントも紹介

Amazon

Amazonは利用者数が多く集客力が高いため、運営代行を利用すれば迅速な施策の実施により売上アップや利益向上が狙えます。

また、Amazonは出品しやすく競争が激しいECモールのため、以下の支援に精通した運営代行会社を選ぶのがおすすめです。

• 売れ筋商品の選定に精通し、自然検索上位表示を狙える
• Amazon独自の広告（各種スポンサー広告）を効果的に活用できる
• 商品ページのテキストや画像のクリエイティブが得意である

なお、以下の記事でAmazonでおすすめな運営代行会社やその選び方を紹介していますので、ぜひあわせてご覧ください。

関連記事：厳選したAmazon運用代行会社10選！失敗しない選び方や5つの選定ポイントも解説

Yahoo!ショッピング

Yahoo!ショッピングは、楽天市場やAmazonと比較して利用者数が少ないものの、Yahoo!ショッピングに特化して運営する店舗が少ないため、基本を抑えた運営の支援を受けられれば売上アップを狙いやすいECモールです。

Yahoo!ショッピングの運営代行会社は以下の施策を実行できるかを確認して選びましょう。

• 商品タイトルの文字数の特性を理解している
• 商品画像クリエイティブの最適化が得意

Yahoo!ショッピングは商品タイトルの文字数やキーワードの配置が検索順位に大きな影響を与えます。また画像の品質や商品の見せ方に独自の評価基準があるため、画像やテキストのクリエイティブスキルが高い代行会社を選びましょう。

なお、Yahoo!ショッピングの支援におすすめな運用代行会社を以下の記事で詳しく紹介していますので、ぜひ合わせてご覧ください。

関連記事：Yahoo!ショッピング運用・運営代行の失敗しない選び方！5つのポイントを徹底解説

EC別のおすすめ運営代行会社

ここからはEC別におすすめの運用代行会社を合計12社紹介します。

▼楽天市場でおすすめの運営代行会社3選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.ジャグー株式会社	運用代行： ・月額50万円～ ・完全成果報酬 ・固定＋成果報酬	・楽天SOY受賞経験者が戦略策定 ・売上拡大と利益最大化の両立支援 ・専属チームによるPDCAサイクル徹底管理	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・Qoo10
2.株式会社YUGETA ECコンサルティング	要問い合わせ	・EC事業の立ち上げから運営まで一貫サポート ・データ分析に基づく戦略立案 ・クライアントに合わせたカスタマイズされたソリューション	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・自社ECサイト
3.株式会社ピュアフラット	要問い合わせ	・契約後売上アップ率平均372% ・3,000社以上の支援実績 ・Yahoo!コマースパートナー認定	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・Qoo10

▼Amazonでおすすめの運営代行会社3選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.アグザルファ株式会社	ライト：月額78,000円+成果報酬7％（他プランあり）	・Amazon専門の運営支援会社 ・Amazon販売事業者アワード3年連続受賞 ・Amazon DSP広告運用代行実績多数	・Amazon
2.株式会社いつも	要問い合わせ	・13,000件以上の契約案件数 ・多様な業種・業態に対応 ・国内外のECプラットフォームをサポート	・Amazon ・楽天市場 ・Yahoo!ショッピング ・海外ECプラットフォーム
3.しるし株式会社	月額：30万円〜	・データ分析に基づく売上最大化戦略 ・30分単位の転売モニタリング体制 ・元Amazon社員を含む専門チーム	・Amazon ・楽天市場

▼Yahoo!ショッピングでおすすめの運営代行会社4選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.ジャグー株式会社	運用代行： ・月額50万円～ ・完全成果報酬 ・固定＋成果報酬	・Yahoo! JAPAN コマースパートナー認定企業 ・売上拡大と利益最大化の両立支援 ・Yahoo!年間ベストストア受賞 ・ECモール運営の全工程をワンストップ対応	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・Amazon ・Qoo10
2.株式会社ファイブスプリングス	月額：700,000円（税別）〜	・アパレル/グルメ/美容健康など多業種対応 ・新規参入から既存店舗改善まで幅広く対応 ・全国規模でのサポート体制	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場
3.イーラ株式会社	要問い合わせ	・モールSEO対策に強み ・Yahoo!ショッピングの支援に精通 ・新規出店から既存店舗改善まで幅広くサポート	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・自社ECサイト
4.株式会社ザーナス	ライトプラン：月額107,800円（税込）〜（他プランあり）	・750社以上の支援実績 ・各ECモールの特徴に精通したスペシャリストによるサポート ・多企業からコマースパートナーとして認定	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・Amazon ・自社ECサイト

▼自社ECサイトでおすすめの運営代行会社2選

会社名	費用	特徴	対応EC
1.アートトレーディング株式会社	月額：30万円（税抜）〜	・ECサイト制作から物流管理までワンストップ対応 ・Shopify Experts認定チームによる専門支援 ・15年の運営ノウハウと200社以上の実績	・自社ECサイト ・楽天市場 ・Yahoo!ショッピング
2.コマースメディア株式会社	要問い合わせ	・Shopify Plus公式パートナー認定 ・サイト構築から物流代行までワンストップ対応 ・越境EC支援（英語/中国語サイト対応）	・自社ECサイト ・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング

楽天市場のEC運営代行会社

まずは楽天市場の運営におすすめなEC運営代行会社を以下3社紹介します。

1. ジャグー株式会社
2. 株式会社YUGETA ECコンサルティング
3. 株式会社ピュアフラット

1社ずつ順に紹介します。

1.ジャグー株式会社

出典：ジャグー株式会社公式サイト

ジャグー株式会社はECコンサルティングと運用代行の両面から総合支援を行うプロフェッショナル集団です。

楽天ショップ・オブ・ザ・イヤー（楽天SOY）を連続で受賞し、ECモール運用における豊富な実績とノウハウが特徴の会社です。

ジャグー株式会社は元楽天ECコンサルタント出身のプロフェッショナルが代表を務め、MVP受賞経験を持つなど、ECプラットフォームの特性を深く理解した支援が強みです。

特に楽天市場の運営代行では「平均月商132%増」「年間20億円のモール広告運用」といった実績があり、データ分析に基づく改善提案から広告運用まで一貫した支援体制が整っています。

自社でECサイトの運営も行っており、現場目線での実践的なノウハウを提供しています。

▼「ジャグー株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	ジャグー株式会社
本社所在地	東京都中央区八丁堀4丁目3-5 京橋宝町 PREX 8階
サービス名	運用代行サービス
特徴	・楽天SOY受賞経験者が戦略策定 ・売上拡大と利益最大化の両立支援 ・専属チームによるPDCAサイクル徹底管理 ・ECモール運営の全工程をワンストップ対応
費用	運用代行： ・月額50万円～ ・完全成果報酬 ・固定＋成果報酬
対応EC	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・Qoo10
公式サイト	ジャグー株式会社公式サイト

2.株式会社YUGETA ECコンサルティング

出典：株式会社YUGETA ECコンサルティング公式サイト

株式会社YUGETA ECコンサルティングは、EC事業における豊富な経験と実績を持つ専門家集団です。

ECサイトの立ち上げから運営、マーケティングまで、EC事業に関する幅広いサービスを提供しています。

特に楽天市場での成功事例が豊富で、過去には月商350万円の店舗を2年で3.5億円にまで成長させた実績があります。

また主に楽天市場のECコンサルタント出身の熟練したスタッフが、クライアントに最適な改善策を提案し、売上の向上とコスト削減を支援します。

▼「株式会社YUGETA ECコンサルティング」の会社概要・特徴・費用

社名	株式会社YUGETA ECコンサルティング
本社所在地	東京都新宿区西新宿六丁目15番1 セントラルパークタワー・ラ・トゥール新宿 403
サービス名	EC運営代行
特徴	・EC事業の立ち上げから運営まで一貫サポート ・データ分析に基づく戦略立案 ・クライアントに合わせたカスタマイズされたソリューション ・EC専門のマーケティング支援
費用	要問い合わせ
対応ECサイト	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・自社ECサイト
公式サイト	株式会社YUGETA ECコンサルティング公式サイト

3.株式会社ピュアフラット

出典：株式会社ピュアフラット公式サイト

株式会社ピュアフラットはECモール運営代行とコンサルティングに特化した企業で、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングなど主要プラットフォームに対応しています。

特に楽天市場では平均372%の売上向上を達成した実績があり、専門のスタッフがユーザーのニーズに合わせたマーケティング支援を行っています。

また元楽天市場出身のメンバーを中心としたスタッフによる効率的な集客や販売戦略を提案しています。

株式会社ピュアフラットは柔軟でスピーディな対応を行い、企業の成長をサポートする運営代行会社です。

▼「株式会社ピュアフラット」の会社概要・特徴・費用

社名	株式会社ピュアフラット
本社所在地	東京都港区南青山1丁目10-6 ファミリー青山ビル4F
サービス名	ECサイト運用代行
特徴	・契約後売上アップ率平均372% ・3,000社以上の支援実績 ・Yahoo!コマースパートナー認定 ・大手ECプラットフォーム出身の専門チーム
費用	要問い合わせ
対応ECサイト	・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング ・Qoo10
公式サイト	株式会社ピュアフラット公式サイト

AmazonのEC運営代行会社

次にAmazonの運営におすすめなEC運営代行会社を以下3社紹介します。

1. アグザルファ株式会社
2. 株式会社いつも
3. しるし株式会社

1社ずつ順に紹介します。

1.アグザルファ株式会社

出典：アグザルファ株式会社公式サイト

アグザルファ株式会社は、Amazon専門のコンサルティングおよび運営代行を提供する企業であり、2011年からAmazonでの運営支援を開始した。数々の賞を受賞した実績があり、売上アップに特化した戦略を提供している。

アグザルファ株式会社はAmazon専門のEC運用代行会社で、2011年に業界初のAmazonコンサルティングサービスを開始したパイオニア企業です。

Amazon販売事業者アワードを3年連続受賞するなど、Amazonプラットフォームに特化した圧倒的な実績を有しています。

Amazon広告やDSP広告の運用代行にも対応し、効果的な集客を実現しています。

またAmazonの海外販売サポートも行っているため、海外向けの出品を検討している企業におすすめの運用代行会社です。

▼「アグザルファ株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	アグザルファ株式会社（Axalpha, Inc.）
本社所在地	東京都中央区日本橋本町4-5-13 日本橋本町THビル5階
サービス名	セラー向け運用代行プラン
特徴	・Amazon専門の運営支援会社 ・Amazon販売事業者アワード3年連続受賞 ・Amazon DSP広告運用代行実績多数 ・検索結果/ランキング1位獲得ノウハウ ・海外販売もサポート
費用	・ライト：月額78,000円+成果報酬7％ ・スタンダード：月額108,000円+成果報酬5％ ・メガ：月額+成果報酬は別途お見積り
対応ECサイト	・Amazon
公式サイト	アグザルファ株式会社公式サイト

2.株式会社いつも

出典：株式会社いつも公式サイト

株式会社いつもは、Amazonをはじめとする複数のECプラットフォームに対応した運営代行およびコンサルティングサービスを提供する企業です。

特にAmazonに関しては、広告運用や店舗運営において実績が豊富で、売上アップを目指した戦略を実行できます。

また、楽天市場や自社ECサイトとのクロスチャネル支援を行い、異なるプラットフォーム間で成功事例を活かした最適なアプローチを提供しています。

▼「株式会社いつも」の会社概要・特徴・費用

社名	株式会社いつも
本社所在地	東京都千代田区有楽町1-13-2 第一生命日比谷ファースト21階
サービス名	Amazon運用代行
特徴	・13,000件以上の契約案件数 ・多様な業種・業態に対応 ・国内外のECプラットフォームをサポート ・「人」と「テクノロジー」を組み合わせたアプローチ ・グローバル展開の支援
費用	要問い合わせ
対応ECサイト	・Amazon ・楽天市場 ・Yahoo!ショッピング ・海外ECプラットフォーム
公式サイト	株式会社いつも公式サイト

3.しるし株式会社

出典：しるし株式会社公式サイト

しるし株式会社は、Amazon運用代行に特化したサービスを提供しており、売上向上や利益拡大を支援する企業です。

転売対策やAmazon広告運用、SEO対策などを通じて、短期間でユーザーのAmazon売上を伸ばした実績があります。

特にAmazon運営においてカート獲得率の向上や商品ページ改善により、売上を最大化する戦略を提供しており、過去には売上を3倍以上に向上させた実績もあります。

支援先のターゲットに合わせた最適な施策を実施し、企業の成長を支援しています。

▼「しるし株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	しるし株式会社（ShiRuShi Inc.）
本社所在地	東京都渋谷区恵比寿4-20-3 恵比寿ガーデンプレイスタワー27F
サービス名	運用代行プラン
特徴	・データ分析に基づく売上最大化戦略 ・30分単位の転売モニタリング体制 ・元Amazon社員を含む専門チーム ・ISMS認証（ISO27001）取得による情報管理
費用	月額：30万円〜
対応ECサイト	・Amazon ・楽天市場
公式サイト	しるし株式会社公式サイト

Yahoo!ショッピングのEC運営代行会社

次はYahoo!ショッピングの運営におすすめなEC運営代行会社を以下4社紹介します。

1. ジャグー株式会社
2. 株式会社ファイブスプリングス
3. イーラ株式会社
4. 株式会社ザーナス

1社ずつ順に紹介します。

1.ジャグー株式会社

出典：ジャグー株式会社公式サイト

楽天市場でも紹介したジャグー株式会社はYahoo!ショッピングの支援実績も豊富です。

Yahoo!ショッピングでは、2024年に「Yahoo! JAPAN コマースパートナー」に認定された実績を持ちます。

また運用支援では戦略立案や売上だけでなく利益改善の提案までサポートしています。

Yahoo!ショッピングの年間ベストストア受賞歴もあることから、初出店から利益拡大までYahoo!ショッピングの支援を一貫して任せられます。

▼「ジャグー株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	ジャグー株式会社
本社所在地	東京都中央区八丁堀4丁目3-5 京橋宝町 PREX 8階
サービス名	Yahoo!ショッピング運用代行サービス
特徴	・Yahoo! JAPAN コマースパートナー認定企業 ・売上拡大と利益最大化の両立支援 ・Yahoo!年間ベストストア受賞 ・ECモール運営の全工程をワンストップ対応
費用	運用代行：月額50万円～ または 成果報酬
対応ECサイト	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・Amazon ・Qoo10
公式サイト	ジャグー株式会社公式サイト

2.株式会社ファイブスプリングス

出典：株式会社ファイブスプリングス公式サイト

株式会社ファイブスプリングスは、楽天市場とYahoo!ショッピングに特化したEC運営代行サービスを提供している企業です。

両モールでの成功事例が豊富にあり、実績としては楽天SOY（ショップ・オブ・ザ・イヤー）受賞店舗や、Yahoo!年間MVP受賞店舗を複数持ち、Yahoo! JAPAN コマースパートナー認定企業でもあります。

株式会社ファイブスプリングスはECモールでの豊富な支援経験を活かし、売上アップだけでなく在庫管理や利益改善、オリジナルツール開発など多岐に渡る支援を提供しています。

▼「株式会社ファイブスプリングス」の会社概要・特徴・費用

社名	株式会社ファイブスプリングス
本社所在地	東京都中央区入船2-3-7 TSUKIJI EAST SQUARE 3階
サービス名	運営代行プラン（コンサルティング＋制作代行）
特徴	・アパレル/グルメ/美容健康など多業種対応 ・新規参入から既存店舗改善まで幅広く対応 ・全国規模でのサポート体制 ・大手メーカーから中小企業まで多層的支援
費用	月額：700,000円（税別）〜
対応ECサイト	・Yahoo!ショッピング・楽天市場
公式サイト	株式会社ファイブスプリングス公式サイト

イーラ株式会社

出典：イーラ株式会社公式サイト

イーラ株式会社は、楽天市場とYahoo!ショッピングの運営代行サービスを提供しており、特にYahoo!ショッピングの支援に精通しています。

売上向上に向けたSEO対策や、広告運用代行、商品ページ制作などを行い、効果的なマーケティング施策を提案します。

高い専門性を誇るスタッフが実際のショップ運営で得たノウハウを活かした支援で売上アップを実現してくれるでしょう。

▼「イーラ株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	イーラ株式会社
本社所在地	静岡県沼津市岡宮1332-3
サービス名	Yahoo!ショッピング運営代行
特徴	・モールSEO対策に強み ・Yahoo!ショッピングの支援に精通 ・新規出店から既存店舗改善まで幅広くサポート ・Web制作、デザイン制作、広告運用も提供
費用	要問い合わせ
対応ECサイト	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・自社ECサイト
公式サイト	イーラ株式会社公式サイト

株式会社ザーナス

出典：株式会社ザーナス公式サイト

株式会社ザーナスは、EC運営代行業者として、Yahoo!ショッピングをはじめとした主要なECモールの運営支援を提供しています。

これまで750社以上のクライアントをサポートしており、93%の企業が売上を向上させた実績があるのが特徴です。

スタッフ全員がネットショップ実務士やWEB解析士などの資格を持ち、経験豊富な専門家が最適な戦略を提供します。

業界屈指のコストパフォーマンスと柔軟な契約体系で、結果にこだわりながら企業の成長を支援しています。

▼「株式会社ザーナス」の会社概要・特徴・費用

社名	株式会社ザーナス
本社所在地	東京都港区赤坂2丁目21-5 1F
サービス名	EC運営代行
特徴	・750社以上の支援実績 ・各ECモールの特徴に精通したスペシャリストによるサポート ・多企業からコマースパートナーとして認定されている
費用	・ライトプラン：月額107,800円（税込）〜 ・スタンダードプラン：月額250,800円（税込）〜 ・フルダポートプラン：月額437,8000円（税込）〜
対応ECサイト	・Yahoo!ショッピング ・楽天市場 ・Amazon ・自社ECサイト
公式サイト	株式会社ザーナス公式サイト

自社ECサイトのEC運営代行会社

最後に自社サイトの支援サービスも提供しているおすすめのEC運営代行会社を以下2社紹介します。

1. アートトレーディング株式会社
2. コマースメディア株式会社

1社ずつ順に紹介します。

1.アートトレーディング株式会社

出典：アートトレーディング株式会社公式サイト

アートトレーディング株式会社は、15年以上にわたる200社以上のEC事業支援実績を持つ、ECサイト運営のプロフェッショナル集団です。

アートトレーディング株式会社は「二人三脚」のアプローチを採用し、クライアントと密接に連携しながらECサイトのファン作りと売上向上を目指します。

契約期間は6ヶ月ごとの更新制で、月次MTGを通じて進捗確認と戦略の見直しを行います。

アートトレーディング株式会社は、クライアントの熱意に応え、時には要望に反対することもあるという姿勢で、真摯にECサイトの成長を支援しています。

▼「アートトレーディング株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	アートトレーディング株式会社（Art Trading Co.,LTD）
本社所在地	東京都豊島区東池袋1-18-1 Hareza Tower 20F
サービス名	EC運営代行サービス
特徴	・ECサイト制作から物流管理までワンストップ対応 ・Shopify Experts認定チームによる専門支援 ・フルフィルメントセンター連携による効率化 ・15年の運営ノウハウと200社以上の実績
費用	月額：30万円（税抜）〜
対応ECサイト	・自社ECサイト ・楽天市場 ・Yahoo!ショッピング
公式サイト	アートトレーディング株式会社公式サイト

2.コマースメディア株式会社

出典：コマースメディア株式会社公式サイト

コマースメディア株式会社は、ECサイトの構築から運用、物流まで一貫してサポートする総合的なECソリューション企業です。

Shopify Expertsの認定を受けており、特にShopifyを使用したECサイト構築に強みを持っています。

コマースメディア株式会社は、Shopifyに関する高度な専門性を持ち、日本で3社目のShopify Experts企業として認定されています。

さらに、「Shopify Plusパートナー」の認定も獲得しており、Shopifyを使用したECサイト構築において強力なサポートを提供できます。

▼「コマースメディア株式会社」の会社概要・特徴・費用

社名	コマースメディア株式会社
本社所在地	東京都豊島区南大塚3丁目44-11 フサカビル3階・6階
サービス名	EC全体フルサポートサービス
特徴	・Shopify Plus公式パートナー認定 ・サイト構築から物流代行までワンストップ対応 ・楽天/Yahoo!/Amazonモール運営実績豊富 ・越境EC支援（英語/中国語サイト対応） ・自社開発の物流システム連携
費用	要問い合わせ
対応ECサイト	・自社ECサイト ・楽天市場 ・Amazon ・Yahoo!ショッピング
公式サイト	コマースメディア株式会社公式サイト

ジャグー株式会社のEC運営代行事例

「ジャグー株式会社」のEC運営代行の成功事例を2つ紹介します。

1. Ulike株式会社
2. エコバックスジャパン株式会社

1.Ulike株式会社

事例記事あり｜支援後のモール内市場シェア7倍、広告の費用対効果3倍！

家庭用光美容器市場で世界シェアNo.1*を誇るUlike。
同社は、日本市場への参入直後、広告効率やEC運営の課題に直面しました。

しかし、ジャグーのコンサルティングサービスを導入したことで、マーケットシェアが約7倍に拡大し、売上高も前年比5倍を達成。
広告費を3分の1に削減しつつ、健全な収益性も実現しています。

Ulikeが抱えていた課題と成功のカギとは？その詳細をインタビュー記事でご紹介します。

2.エコバックスジャパン株式会社

事例記事あり｜目標未達続きから一転、広告費用対効果を前年比5倍まで改善！

ロボット掃除機市場で急成長を遂げるエコバックスジャパン株式会社。

同社は、ジャグーのECコンサルティングサービスを導入することで、広告費用対効果を前年比5倍、クリック単価を3分の1に改善。
さらに、月次売上目標を1,000万円以上上回る成果をわずか1か月で達成しました。

エコバックス社が抱えていた課題と成功のカギとは？その詳細をインタビュー記事でご紹介します。

 

まとめ｜EC運営代行を活用して売上の拡大を目指そう！

EC運営代行を活用すれば、経験豊富なプロの支援を受けて自社のリソースを削減しつつ効果的な施策を実施できるため、短期間で売上の拡大を目指すことができます。

なおEC運営代行会社の選定時には、実績や得意分野に基づいた自社に最適な支援を受けられるかどうか確認することが重要です。

しかし、

「代行会社がたくさんあってどこに依頼していいかわからない」

「代行会社に依頼しても本当に売上が上がるのか不安……」

という方は、ぜひお気軽にジャグーにご相談ください。

ジャグー株式会社では、EC運営の豊富な経験と実績をもつコンサルタントが専門的なサポートを行っています。

EC運営における売上改善や社内運用の仕組み化など、戦略から販売までを一気通貫したEC支援をご提供します。

複数のECモールやECサイトの運営代行サービスも提供しているため、EC全般に関するご相談は、ぜひジャグー株式会社へお気軽にお問い合わせください。